某日，小新、小葵和美伢在逛街途中突然被一群黑衣人绑架，醒来后竟置身于一座高科技秘密基地。原来，这里是由神秘组织“温泉G组”掌控的据点，该组织世代守护着日本各地珍贵的温泉资源，防止它们被邪恶势力破坏。然而，一个名为“温泉假面”的犯罪集团正蠢蠢欲动，他们企图利用超级武器“温泉破坏弹”将所有温泉彻底蒸发，以实现其不可告人的野心。温泉G组发现小新一家拥有特殊的“温泉感应能力”，于是强行将他们征召为临时队员，共同对抗邪恶势力。面对突如其来的危机，小新依旧不改搞怪本色，在基地里四处捣乱，却意外发现了敌人的弱点。美伢则展现出惊人的家政能力，用拖把和抹布协助战斗。小葵更是以婴儿的直觉屡次化险为夷。最终，小新一家人与温泉G组联手，驾驶着温泉喷射战车冲向敌营，展开一场充满笑料与热血的终极对决。在决战中，小新用他标志性的“动感光波”和屁股舞，成功干扰了敌人的武器系统，最终在温泉喷发的奇迹中粉碎了邪恶计划。影片以幽默夸张的方式，传递了保护自然与家庭团结的温暖主题，让观众在爆笑之余也感受到温泉般的治愈力量。