故事发生在一切都由齿轮与发条驱动的重建世界。1000年前，地球因不明原因毁灭，传说中名为“Y”的时钟技师用庞大的时钟装置将世界重新构筑，人类得以在机械之地上延续文明。高中生见浦直人是个成绩垫底的普通学生，却拥有超乎常人的听觉与直觉。某天，他在废品堆中触发神秘机关，唤醒了“Y”遗留的自动人偶——琉珠。她自称是“完全自律型机关人偶”，并称直人为“主人”，同时展现出惊人的战斗能力。与此同时，天才时钟技师少女玛莉也盯上了琉珠，两人因此展开合作。随着事件深入，直人发现琉珠的体内隐藏着“Y”留下的世界级机密——一个足以颠覆现有世界的“时钟机关之星”。各方势力为争夺这颗“星”而蠢蠢欲动，直人、琉珠与玛莉被迫卷入一场关乎人类存亡的宏大冒险。在一次次齿轮咬合的轰鸣中，他们逐渐揭开世界被重建的真相，以及“Y”真正的意图。友情、信任与背叛交织，少年少女们将用双手转动命运的指针。