新西历302年，距离突如其来的宇宙侵略者S.E侵占地表已过去整整百年。人类始终未能窥见侵略者的真实面目，只能在深海秘密基地AQUABASE中艰难延续火种，苟延残喘于黑暗的海底。在这绝望的末世中，一群拥有特殊天赋的少女被选中，组成“美少女电脑战队”。她们驾驭着融合尖端科技的电脑战甲，以数据与能量为武器，一次次潜入被S.E控制的地表废墟，执行侦察与突袭任务。每一次出击，都是与未知敌影的生死博弈；每一场战斗，都在揭开S.E神秘面纱的一角。随着战况升级，少女们发现S.E的入侵背后隐藏着远超想象的阴谋——它们的目的并非单纯毁灭，而是与人类过去的科技秘密紧密相连。在队长凛的带领下，战队成员们跨越恐惧与猜疑，用友情和信念点燃反击的火焰。她们不仅要对抗强大的外星兵器，更要面对内部信任的考验与牺牲的抉择。当最后的真相浮出水面，人类存亡的钥匙竟握在这群少女手中。她们将以电脑战队之名，向不可战胜的敌人发起最终冲锋，为百年黑暗划下终结的句点。