二十一世纪初始，日本并未迎来现代化，而是依旧沉沦于德川幕府的绝对统治之下。柳生道场少主柳生宗朗，身为德川家康的臣子，却对幕府的独裁与武应学园的暴力体制心生质疑。正当他因反抗而遭暗杀之际，一位手持妖刀、身负重伤的少女——柳生十兵卫，以“剑姬”之名现身，誓言以性命守护宗朗。随着宗朗的觉醒，更多传说中的剑姬接连降临：天真烂漫的宝藏院胤舜、高傲冷艳的宫本武藏、神秘莫测的佐佐木小次郎……她们皆为“百花缭乱”中的传奇武者，因宗朗的召唤而重获肉身，与他并肩作战。然而，剑姬们的使命并非单纯护主，她们背后隐藏着与德川幕府高层、乃至“剑圣”柳生石舟斋之间的千年恩怨。在血与刃交织的校园战场上，宗朗逐渐揭开自己身世的真相，而剑姬们的忠诚与情感也面临终极考验。当百花齐放，乱世终至，这场以爱为名的武士物语，将走向谁也无法预料的结局。