少年田中哲郎因优异成绩获得全额奖学金，得以进入一所远离家乡的全新高中——美少女学院。这里表面是普通学园，实则聚集了各具特色的美少女学生，从傲娇大小姐到天然呆运动健将，个个个性鲜明。初来乍到的哲郎本想安静学习，却因一次偶然的误会成为校园焦点，被迫加入学生会，与五位核心成员组成“校园问题解决小组”。她们接手的任务从寻找失踪的校猫，到筹备文化祭的意外事故，每次行动都闹出啼笑皆非的乱子。随着相处深入，哲郎发现学院地下竟藏有废弃的旧校舍，而那里流传着关于“初代学生会长”的传说。在女孩们的鼓励下，他决定查明真相，却意外触发了学院的隐藏机制——原来美少女学院的前身是一所女子实验学校，而哲郎的祖母正是当年的学生之一。面对即将被拆除的旧校舍，哲郎与女孩们团结一心，用一场别开生面的校园祭成功保住了历史建筑。在这个过程中，他不仅收获了珍贵的友情，也理解了祖母的青春故事，更找到了自己未来的方向。