《地球百子第二季》紧接首季末的震撼结局：贾哈自愿留守太空，换来了方舟幸存者成功降落地球的希望。然而，百子们虽在驻地之战中击败地表人，却随即被一股神秘力量俘获，囚禁于气象山戒备森严的隔离区中。贝拉米与芬恩在与地表人的混战中生死未卜，下落不明。克拉克醒来后，发现自己身处一个设施完备、物资充裕的地下世界——韦瑟山。这里由华莱士总统统治，表面礼遇有加，实则暗藏杀机。克拉克逐渐察觉到山人的致命弱点：他们无法承受地表辐射，只能藏身地下。而太空人因长期暴露于宇宙辐射，基因悄然变异，成为山人眼中珍贵的“解药”。一场以活体抽取骨髓为手段的残酷实验，正悄然展开。与此同时，方舟残存者与地表人的关系因共同敌人而出现转机。克拉克必须放下成见，与地表人首领雷克莎结盟。然而，盟友的背叛、内部的猜疑、以及不断升级的冲突，让这场生存之战愈发惨烈。当克拉克在监控中目睹母亲命悬一线，她做出了一个改变所有人命运的决定——打开通风管道，让致命的辐射涌入韦瑟山。山人的文明在一夜之间灰飞烟灭，而幸存者们，却要面对一个更加复杂、残酷的新世界。